乙型及丙型肝炎使用干扰素大分不会有太大副作用，副作用出现的多寡，因人体质而异，一般而言有以下几种：
1、产生像感冒般的症状：这是干扰素常见的副作用，如发烧、畏寒、疲倦、肌肉疼痛、头痛、食欲不振等。通常是在次注射干扰素时较，在第二剂、第三剂注射时，此种副作用会减轻。
2、掉头发：分患者会出现，不过停后可自然恢复。
3、精神上的副作用：会变得比较焦虑、忧郁、烦躁疲倦及容易失眠。这些症状通常是发生在用干扰素治疗一段时间之后。症状轻微时，可以使用低剂量的镇定剂。如果症状相当严重，必须考虑停。有严重精神疾病者，建议不要用。
4、白及血小板下降：干扰素可抑制骨髓造血系统，临床上会出现白及血小板下降等现象。这正是使用干扰素的病人，必须定期抽血检查血的原因。这也是血小板太低的病人，不适合做干扰素治疗的原因。注射前及注射中，需定期检验白及血小板数目。必要时，需减量，甚至停。停之后，血应可逐渐上升。食补并不能使白及血小板上升。
5、诱发自体抗体：干扰素也可能在分病人诱发自体抗体(也是说，诱发会攻击体内正常组织的抗体的产生)的产生。所幸的是，很少会因这些自体抗体而导致疾病，少分病人会并发自体甲状腺病变，产生甲状腺功能亢进，此时需内分泌医师协助治疗。
6、肠胃症状：可能会有轻微的食欲不振、恶心及腹泻。
7、其他：可能会有轻微的皮肤过敏、口干舌燥、全身虚弱、有气无力、体重减轻等现象。
另外和干扰素合并使用治疗丙型肝炎的物ribavirin，是组合中的口服物，也会产生一些副作用，包括：
8、畸形胎：在动物实验上曲撕rin会造成畸形胎。所以服用时及停6个月内，不可怀孕(男女皆适用)。
