一个完整的乙肝病毒颗粒，也叫Dane颗粒，直径只有42纳米，大约是一个普通鸡蛋的百万分之一。乙肝病毒有外壳和核心两个分，也是说除了绝大多数病毒都具有的漂亮“衣壳”外，乙肝病毒还要再加上一件精密的“外套”。外壳是这件所谓的“外套”，它厚7-8纳米，由脂质双层和蛋白质组成的囊膜。脂质双层内含有S抗原、前S1和前S2抗原，它们一起又构成了外壳上大、中、小三种蛋白形式，统称为乙肝表面抗原(HbsAg)，也是人们俗称的澳抗。关于澳抗的由来还有一段故事，它早是从澳大利亚土著人血清中分离出来的，当时以为是当地民族特有的一个遗传标志，所以称之为“澳大利亚抗原”。到后来才知道是乙肝病毒表面抗原。所谓抗原其实是会引起机体反抗反应的元素，而与之相对的，机体中可以识别并反抗抗原的元素是抗体了。
剥去Dano颗粒的外壳，暴露出乙肝病毒的核心颗粒。核心颗粒直径28纳米，呈二十面体对称，它的表面才是病毒真正的衣壳，由乙肝病毒的核心抗原(HBcAg)组成。游离态的核衣壳只能在肝的核内观察到。通过强去垢剂或者酶处理的方法，还可以暴露出HBV的另一个主要的抗原e抗原，它的本质还不是十分清楚，但多数人认为是核心的断片。
Dano颗粒的位是环状并且有缺口的双链，和依附在上面的聚合酶。乙肝病毒的基因组引人注目的一个特征是它非常小，其分子大约含有约个核苷酸，比已知的大的病毒基因组小几百倍，和人类的基因组相比较，仅仅是百万分之一。而且乙肝病毒的两链长短不一，长链完整，长度恒定，为负链。短链是正链，长度可变，大概是长链的%~80%。表面抗原和核心抗原都是由Dane颗粒的编码而来。
